Clara per la genomica
Velocità e accuratezza senza precedenti nella genomica di precisione con la suite software NVIDIA Clara™ for Genomics.
Soluzioni veloci, accurate e scalabili per flussi di lavoro bioinformatici
NVIDIA Parabricks
Accelera l'analisi genomica
NVIDIA® Parabricks® è una suite software di genomica scalabile per l'analisi secondaria che fornisce versioni accelerate da GPU di strumenti open source affidabili.
I ricercatori, i bioinformatici e i data scientist possono utilizzare Parabricks, compatibile con i principali strumenti di sequenziamento, in diversi flussi di lavoro bioinformatici.
Parabricks aumenta la velocità grazie a tempi di esecuzione più rapidi e riduce i costi, migliorando l'accuratezza e garantendo la trasparenza. Di conseguenza, i ricercatori possono ricavare informazioni ed effettuare scoperte biologiche più rapidamente.
NVIDIA AI Blueprints
Distribuisci facilmente soluzioni della linea germinale e a cellula singola
NVIDIA AI Blueprints sono blueprint leggeri e facilmente distribuibili per l'analisi della linea germinale e delle singole cellule.
Creati per i bioinformatici e i fornitori di piattaforme genomiche, AI Blueprints consentono agli utenti di distribuire e testare facilmente NVIDIA Parabricks e NVIDIA RAPIDS™, incluso RAPIDS per l'analisi a singola cellula sviluppato da scverse, senza richiedere l'utilizzo di GPU o del cloud.
Grazie alla facilità di valutazione e all'ampliamento dell'accessibilità delle librerie di genomica accelerata, scienziati e ricercatori possono approfondire la comprensione della genomica velocizzando maggiormente le operazioni.
Microservizi NVIDIA NIM
Ottimizza l'allineamento e la chiamata delle varianti
I microservizi NVIDIA NIM™ sono pronti per la produzione, ottimizzati e componibili con FQ2BAM per l'allineamento e con DeepVariant per la chiamata universale delle varianti.
I data scientist e gli sviluppatori possono accedere ai più recenti progressi dell'IA generativa con le API standard di settore che semplificano la creazione e la distribuzione di applicazioni native cloud.
Riduci le analisi che richiedono tempo. Per quanto riguarda l'allineamento, quello conforme agli standard di settore e pronto per la produzione avviene in pochi minuti anziché in ore. Inoltre, è possibile ottimizzare le prestazioni della chiamata delle varianti da diverse piattaforme di sequenziamento.
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FAQ
NVIDIA Parabricks è una suite software accelerata da GPU per l'analisi genomica secondaria. Parabricks è compatibile con tutti i principali strumenti di sequenziamento e supporta diversi flussi di lavoro di bioinformatica.
Parabricks consente di aumentare la velocità, ridurre i costi e incrementare l'accuratezza dell'analisi genomica secondaria.
- Incrementare l'accuratezza: distribuisci il deep learning ad alta precisione per tutti i principali sequenziatori.
- Aumentare la velocità: scopri l'analisi del sequenziamento dell'intero genoma (WGS) 108 volte più veloce rispetto alle soluzioni basate solo su CPU.
- Ridurre i costi: riduci i costi di calcolo fino al 50% per il WGS rispetto alle soluzioni basate solo su CPU.
Sì, Parabricks è all'altezza dei risultati degli strumenti open source, quindi li puoi abbandonare e ottenere gli stessi risultati con Parabricks. Gli ultimi benchmark della versione 4.3.1 sono disponibili nella seguente tabella.
Tempo di esecuzione in minuti.Sequenziamento del genoma completo con copertura 30x per FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant e Haplotype Caller con dati Illumina. Sequenziamento del genoma completo tumorale normale con copertura 50x per Mutect2 con dati Illumina.
Parabricks è disponibile come container pubblico su NVIDIA NGC™ per l'uso in locale o su qualsiasi piattaforma o fornitore di servizi cloud.
Per i clienti che hanno bisogno di supporto per Parabricks nei flussi di lavoro clinici, nei progetti di sequenziamento di grandi dimensioni, nelle piattaforme high-throughput o in altri flussi di lavoro che richiedono assistenza immediata, NVIDIA offre NVIDIA AI Enterprise.
Parabricks può essere eseguito su fornitori, piattaforme e partner di cloud pubblico e in locale.
- Fornitori di cloud pubblico: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu AI Cloud, Alibaba Cloud
- Piattaforme e partner: DNAnexus, AWS, Terra, Velsera, FormBio, Lifebit
- In locale: sistemi NVIDIA DGX, server certificati NVIDIA, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos, Supermicro
Requisiti hardware
- Qualsiasi GPU NVIDIA che supporta l'architettura CUDA 70, 75, 80, 86, 89 o 90 e che ha almeno 16 gigabyte (GB) di RAM della GPU. NVIDIA Parabricks è stato testato sulle seguenti GPU NVIDIA Tensor Core:
- V100
- T4
- A10, A30, A40, A100, A6000
- L4, L40
- H100, H200
- Grace Hopper™ Superchip
- Lo strumento fq2bam richiede almeno 24 GB di memoria della GPU per impostazione predefinita; l'opzione a bassa memoria consente di ridurre la memoria della GPU a 16 GB risultando però in un'elaborazione più lenta. Tutti gli altri strumenti richiedono almeno 16 GB di memoria della GPU per GPU.
- Requisiti di sistema:
- Un sistema a due GPU dovrebbe avere almeno 100 GB di RAM della CPU e almeno 24 thread della CPU.
- Un sistema a quattro GPU dovrebbe avere almeno 196 GB di RAM della CPU e almeno 32 thread della CPU.
- Un sistema a otto GPU dovrebbe avere almeno 392 GB di RAM della CPU e almeno 48 thread della CPU.
Requisiti software
- Un driver NVIDIA con versione 525.60.13 o successiva
- Qualsiasi sistema operativo Linux che supporta nvidia-docker2 Docker versione 20.10 (o successiva)
- Massima velocità: GPU NVIDIA H100 Tensor Core
- Costo minimo per campione: GPU NVIDIA L4 Tensor Core
- Nuovissimo supporto: NVIDIA Grace Hopper Superchip
Parabricks è supportato sulla maggior parte delle GPU aziendali NVIDIA, tra cui A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 e V100 Tensor Core.
Se hai delle domande contattaci.
