Clara für Genomik
Die Sotware-Suite NVIDIA Clara™ für Genomik bietet eine noch nie dagewesene Geschwindigkeit und Genauigkeit in der Präzisionsgenomik.
Schnelle, genaue und skalierbare Lösungen für bioinformatische Workflows
NVIDIA Parabricks
Beschleunigung der Genomik-Analyse
NVIDIA® Parabricks® ist eine skalierbare Genomik-Software-Suite für die Sekundäranalyse, die GPU-beschleunigte Versionen von vertrauenswürdigen Open-Source-Tools bietet.
Parabricks ist mit führenden Sequenzierungsinstrumenten kompatibel und kann von Forschern, Bioinformatikern und Datenwissenschaftlern in verschiedenen bioinformatischen Workflows eingesetzt werden.
Parabricks erhöht die Geschwindigkeit mit schnelleren Laufzeiten und reduziert die Kosten – bei gleichzeitiger Verbesserung der Genauigkeit und Gewährleistung der Transparenz. Dadurch können Forscher biologische Erkenntnisse und Entdeckungen schneller aufdecken.
NVIDIA AI Blueprints
Einfache Bereitstellung von Keimbahn- und Einzelzelllösungen
NVIDIA AI Blueprints sind leichte, einfach bereitstellbare Blueprints für die Keimbahn- und Einzelzellanalyse.
AI Blueprints wurden für Bioinformatiker und Anbieter von Genomik-Plattformen entwickelt und ermöglichen es Benutzern, NVIDIA Parabricks und NVIDIA RAPIDS™ – einschließlich RAPIDS-Einzelzelle, entwickelt von scverse – einfach bereitzustellen und zu testen, ohne dass GPUs oder Bereitstellungen in der Cloud erforderlich sind.
Durch die einfache Evaluierung und Erweiterung der Zugänglichkeit von Bibliotheken für beschleunigte Genomik können Wissenschaftler und Forscher das genomische Verständnis durch eine schnellere Inbetriebnahme vorantreiben.
NVIDIA NIM Microservices
Optimierung des Abgleichs und des Variantenaufrufs
NVIDIA NIM™ Microservices sind produktionsreife, optimierte und zusammensetzbare Microservices mit FQ2BAM für den Abgleich und DeepVariant für den universellen Variantenaufruf.
Datenwissenschaftler und Entwickler können mit branchenüblichen APIs, die die Erstellung und Bereitstellung von Cloud-nativen Anwendungen erleichtern, auf die neuesten Fortschritte in der generativen KI zugreifen.
Reduzieren Sie zeitaufwendige Analysen. Der produktionsbereite, branchenübliche Abgleich erfolgt in Minuten statt in Stunden. Optimieren Sie außerdem die Leistung des Variantenaufrufs aus verschiedenen Sequenzierungsplattformen.
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FAQs
NVIDIA Parabricks ist eine GPU-beschleunigte Software-Suite für die sekundäre Genomanalyse. Parabricks ist mit allen führenden Sequenzierungsinstrumenten kompatibel und unterstützt verschiedene bioinformatische Workflows.
Parabricks erhöht die Geschwindigkeit, senkt die Kosten und steigert die Genauigkeit der sekundären Genomanalyse.
- Genauigkeit erhöhen: Stellen Sie Deep Learning mit hoher Genauigkeit für alle wichtigen Sequenzierer bereit.
- Geschwindigkeit steigern: Erleben Sie eine 108-mal schnellere Analyse der Sequenzierung des gesamten Genoms (Whole Genome Sequencing, WGS) im Vergleich zu reinen CPU-Lösungen.
- Kosten senken: Senken Sie die Berechnungskosten für WGS um bis zu 50 Prozent im Vergleich zu reinen CPU-Lösungen.
Ja, Parabricks stimmt mit den Ergebnissen von Open-Source-Tools überein, sodass Sie Open-Source-Tools auswechseln können und mit Parabricks die exakt gleichen Ergebnisse erzielen. Die neuesten Benchmarks aus der Version 4.3.1 finden Sie in der folgenden Tabelle.
Ausführungszeit in Minuten.
30-mal gesamtes Genom sequenziert für FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariante und Haplotype Caller mit Illumina-Daten.
50-mal gesamtes tumornormales Genom sequenziert für Mutect2 mit Illumina-Daten.
Parabricks ist als öffentlicher Container in NVIDIA NGC™ für die Verwendung vor Ort oder in der Cloud beliebiger Plattformen oder Anbieter verfügbar.
Für Kunden, die Unterstützung für Parabricks benötigen, z. B. in klinischen Arbeitsabläufen, großen Sequenzierungsprojekten, Plattformen mit hohem Durchsatz oder anderen Workflows, die sofortige Hilfe erfordern, bietet NVIDIA AI Enterprise an.
Parabricks können bei öffentlichen Cloud-Anbietern, auf Plattformen und bei Partnern sowie vor Ort ausgeführt werden.
- Öffentliche Cloud-Anbieter: AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu AI Cloud, Alibaba Cloud
- Plattformen und Partner: DNAnexus, AWS, Terra, Velsera, FormBio, Lifebit
- Vor Ort: NVIDIA DGX-Systeme, NVIDIA-zertifizierte Server, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos, Supermicro
Hardware-Anforderungen
Jede NVIDIA GPU, die die CUDA-Architektur 70, 75, 80, 86, 89 oder 90 unterstützt und über mindestens 16 Gigabyte (GB) GPU-RAM verfügt. NVIDIA Parabricks wurde auf den folgenden NVIDIA Tensor Core GPUs getestet:
- V100
- T4
- A10, A30, A40, A100, A6000
- L4, L40
- H100, H200
- Grace Hopper™ Superchip
Das fq2bam-Tool benötigt standardmäßig mindestens 24 GB GPU-Speicher; die Option mit niedrigem Speicher reduziert diesen auf 16 GB GPU-Speicher, was zu einer langsameren Verarbeitung führt. Alle anderen Tools benötigen mindestens 16 GB GPU-Speicher pro GPU .
Systemanforderungen:
- Ein System mit zwei GPUs sollte mindestens 100 GB CPU-RAM und mindestens 24 CPU-Threads haben.
- Ein System mit vier GPUs sollte mindestens 196 GB CPU-RAM und mindestens 32 CPU-Threads haben.
- Ein System mit acht GPUs sollte mindestens 392 GB CPU-RAM und mindestens 48 CPU-Threads haben.
Softwareanforderungen
- Ein NVIDIA-Treiber der Version 525.60.13 oder höher
- Jedes Linux-Betriebssystem, das nvidia-docker2 (Docker-Version 20.10 oder höher) unterstützt
- Schnellste Geschwindigkeit: NVIDIA H100 Tensore Core GPUs
- Niedrigste Kosten pro Probe: NVIDIA L4 Tensor Core GPUs
- Brandneue Unterstützung: NVIDIA Grace Hopper Superchip
Parabricks wird von den meisten NVIDIA GPUs für Unternehmen unterstützt, darunter A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 und V100 Tensor Core GPUs.
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